在我國，企業會計計算機網絡化的程度越來越高，大多數企業從賬務處理和報表編制發展成為綜合性的計算機會計系統，但外部審計機構和企業內部審計機構對會計計算機網絡化的迅速發展的相應措施似乎存在較大的滯后。就注冊會計師審計而言，有如下幾個亟待解決的難題。

    一、審計軟件特別緊缺

    審計軟件是計算機審計不可缺少的技術工具，它是計算機審計方法和技術的集成，一般包括內部控制評價、審計計劃管理、數據轉換、抽樣審計、實質性測試、會計報表生成(包括試算平衡)、審計工作底稿打印和管理、審計證據歸集和評價、審計報告生成等功能。采用審計軟件可提高審計工作效率，也有利于提高審計質量和注冊會計師的素質以及加強審計規范化工作。目前，我國審計行業的通用和專用軟件很短缺，其原因是多方面的：一是現有的注冊會計師計算機應用技能還不適應計算機審計的需要；二是會計師事務所和注冊會計師對計算機審計軟件的需求很少；三是軟件開發商和高校有關科研工作對這方面的研究投入較少；四是宏觀的協調管理上還沒有具體的辦法，而且會計師事務所對這方面的科研和開發費用投入很少。

    要改變這一落后局面，可從如下幾方面協調解決：(1)審計軟件開發人才的培養；(2)提倡有條件的審計機構自行開發審計軟件，逐步推廣；(3)加強國際交流，引進計算機審計軟件的技術，縮短與國際計算機審計的差距；(4)組織對有推廣價值的審計軟件進行評審，促進審計軟件商品化。其中提高年輕一代的注冊會計師開發和應用審計軟件的基本技能是至關重要的。同時也要促使審計軟件開發人員的計算機審計知識水平，尤其提高開發通用和特殊專用的審計軟件的能力。這也給注冊會計師和計算機軟件人員帶來了富有的挑戰性內容。世界的信息化大潮正在來臨，許多大中型企業的信息化步驟在加快，已從只單純地建立會計數據庫擴展到建立企業各類業務數據庫并能自動生成各類憑證、賬簿和報表，面對這種越來越復雜的自動化會計信息系統，單純靠傳統審計的方法肯定是低效率和不相適應的。若我國注冊會計師不能扭轉通用審計軟件緊缺的被動局面，就跟不上全球電子化和國際計算機審計的步伐，就會出現我國的審計市場被國外會計公司全面瓜分的危機。

    二、手工審計模式的慣性力的阻礙

    我國企業的外部審計和內部審計制度的建立和起步比較遲，前幾年一直強調手工審計的規范化，對計算機審計及與企業信息化進展相匹配的問題研究比較少。即使在審計中應用計算機進行審計數據的處理，也大多是部分手工審計模式的簡單模仿。如果照這樣的模式進行計算機審計，不會幫助注冊會計師突破傳統審計模式的約束。同時，過多強調傳統的審計原型模式也會阻止先進計算機審計思想、技術和經驗的引入。

    當前，我國的計算機審計基本上是滿足于原來一些手工審計處理流程的計算機化，這種模式就是把手工是什么做的模式搬到計算機化的會計系統中，10多年實踐已驗證了這對會計理論和實務的創新沒有絲毫的推動。由此可見，傳統的手工會計模式慣性力對會計電算化的提升產生巨大的阻礙，應盡快提出適應計算機網絡化環境的計算機審計模式和理論，克服傳統手工審計模式的慣性阻礙力。

    三、注冊會計師如何參與企業全面信息化所帶來的挑戰

    在計算機化信息環境下應用計算機進行審計是我國實務界一件全新的審計技術，財政部于1999年5月發布了獨立審計具體準則第20號《計算機信息系統環境下的審計》，對注冊會計師會計報表審計進行規范，其中強調注冊會計師應當了解被審計單位的計算機應用系統軟件、硬件配置和系統的基本功能。注冊會計師一般都習慣于通過閱讀有關的操作手冊和管理制度等了解計算機應用系統，但我們認為這種了解計算機應用系統是不夠深入的。要做好計算機審計工作，需要注冊會計師深入了解計算機應用系統和積極參與企業信息化實施過程。

    許多企業對計算機硬件和軟件投資不少，也建立了比較完整的集成化信息系統。然而由于注冊會計師沒有積極參與企業信息化過程，以致企業的信息系統仍然存在內控制度薄弱和缺乏必要的計算機審計線索，導致各種計算機舞弊，也使許多企業經理對計算機化的資金和信息管理的安全性感到不信任。因此，企業信息化過程需要注冊會計師和企業內部審計人員積極參與企業信息化的過程，并對系統的有關內控制度和必要的審計線索建立提出設計方案。這顯然是給注冊會計師和企業內部審計人員帶來了新的挑戰。

    四、電子數據的審計證據力缺乏法律支持

    會計無紙化環境下，審計人員所收集的審計證據大部分將是電子化數據。無紙化的電子會計數據能否作為審計和稅務檢查的有效證據，是審計、會計面臨的亟待解決的問題。就目前的審計實務看，有關法規要求企業將計算機記錄的數據都要打印到紙張上并由責任人簽字，可作為審計和其他法定需要的證據。但這種做法是暫時性措施，隨著電子商務的不斷普及，電子數據作為有效的會計證據和法律證據是必然的。1996年12月聯合國已通過了正式的法律范本《電子商務示范法》，明確指出電子數據可作為有效的法律證據，但必須滿足以下基本條件：電子數據的生成、存儲和傳遞過程是可靠的；有關責任人(包括交易業務的對方)已以某種加密數字簽字確認；執行數據專人管理和確保數據的完整性等。美國總統克林頓在2000年6月30日簽署了一項法令，旨在確保電子簽章具有與手寫簽章同等的法律效力。此新法令將于2000年10月1日正式在美國實施生效。由此可見，電子會計數據作為與紙張記載的數據同等法律效力的審計證據已經是現實問題，但我國在這一方面的立法還很欠缺。為推進我國電子商務和計算機審計的快速發展，我國必須盡快制定這方面的法律。

    五、計算機信息系統的審計培訓嚴重滯后

    每一個注冊會計師都知道，計算機網絡技術在各行各業都得到普通應用。但有相當一部分的注冊會計師對有關企業信息化的常見企業管理軟件的縮寫名詞如CIMS(計算機集成制造系統)、 ERP(企業資源管理系統)、 MRP(物料需求管理系統)、MRP2(制造資源管理系統)和iERP(信息化的企業資源管理系統)還很陌生或了解粗淺。這些管理軟件都是企業現在流行的計算機信息系統的主要代表。注冊會計師有關計算機信息系統環境下的審計知識的培訓目前嚴重滯后。如果注冊會計師對目前全球流行的企業資源管理系統ERP(這是企業信息系統的典型代表)不了解甚至有抵觸，注冊會計師就不能在企業信息化全面實施過程中發揮專業作用，也更不能對這種信息系統進行計算機審計。上面所提及的各種軟件在中國企業管理中的應用已都有3-10年甚至15年的歷史，有相當一部分企業以上述的軟件為基礎已建成了集成化的計算機信息系統(含會計信息系統)，因此對這些系統(軟件)應用的深入了解，是注冊會計師進行計算機審計的必備前提。政府管理機構現已意識到這一點，審計署和財政部近年來均已頒布了有關計算機審計的實施辦法和具體審計準則以引導注冊會計師開展計算機審計。但會計師事務所對計算機審計實務培訓和理論研究仍投入很少，也沒有系統地開展計算機審計基本知識的培訓工作，導致計算機審計嚴重滯后。這些被動的局面歸根結底是信息技術知識比較缺乏和觀念比較陳舊。怎樣改進注冊會計師的計算機應用和計算機審計知識結構不單是他們自身的原因，更重要的原因是：(1)會計師事務所的高級合伙人觀念轉換不快，(2)后續教育的計算機審計教材建設滯后，(3)計算機審計的師資力量薄弱。